こんにちは。
バージョンが異なるのですが、NSX-v 6.4.4ですと
デプロイ直後は下記のような画面になりました。
（ここでEnterキーをおすと、Login: プロンプトが表示されます）
上記の状態で、NSX MangerのサービスはRunningになっていました。
NSX Mangerデプロイ後のセットアップ内容は公開されているものではなく、
MangerのOS Shellへのログインも一般的には不可なので
ここでのアプライアンス内部での処理は、あまり気にしなくてよいかなと思います。
また、NSX ManagerのOVAデプロイ→VM起動直後に
VMコンソールを開いて様子を見ていても、VM起動後に走る処理には影響しないので、
おそらくはOVAデプロイがうまくいっていなかったか、
ESXi側のリソースが足りなかったかといった原因ではないかなと思います。