こんにちは。
vSANネットワーク関連と、監視ノードの問題については、
VMkernel（vmk）ポートの設定内容（vsanとwitnessをどう設定しているか）と、
そのvmkポート同士で実際に他のノードと疎通できるかを確認するとよいと思います。
スクラッチパーティションについては、
ESXiのインストール先が容量が少ないデバイスだったり、
ローカルデータストア（VMFSの）がない構成だったりすると
ログなどを出力するスクラッチパーティションが永続的な領域になっていなくて警告が出たりします。
vSAN 環境での ESXi コアダンプやスクラッチパーティションの保存について
https://kb.vmware.com/s/article/2074026?lang=ja
vSANデータストア上にスクラッチパーティションは作成できないので、
何かしらの方法（ローカルディスク追加やNFSなど）でデータストアを追加して、
スクラッチパーティションを構成変更することになります。
ESXi 4.x/5.x/6.x の永続的スクラッチの場所の作成
https://kb.vmware.com/s/article/1033696?lang=ja
また、検証環境などであれば、vSANの動作に直接関係しないので無視することもできます。
ただしこの場合はESXiを再起動するたびにログファイルはリセットされてしまいます。
以上です。参考になりますでしょうか。